比较化学:构筑量子化学通向分子药学的桥梁 下载 pdf 百度网盘 epub 免费 2025 电子书 mobi 在线

　　运用比较学思想可以产生许多新认识、新方法、新规律，可以形成许多边缘交叉新学科，比较学思想已在科学研究实践中逐渐显示出空前强大的生命力。

比较可以生奇谋，比较可以出良策。本书基本方法主要是运用比较学和比较化学思想中相关研究方法进行分子的构效关系研究，简要构筑从量子化学通向物理有机化学或分子药学的桥梁，主要介绍作者及其合作者近几年来运用比较化学思想方法在物理有机化学和药物分子设计领域所取得的部分新结果。

本书可供化学、物理学、计算机科学、生命科学、化工医药及自然科学或社会科学相关领域的科教工作者参考，也可以作为相关专业的研究生教材或大学师生的教学参考书。

第1章比较学与比较化学概论

Chapter 1Comparative studies and comparative chemistry

１?保北冉涎Ц拍?

１?保?The concept of comparative study

１?保脖冉涎г?理应用简例

１??2Applied simple example of comparative study

１?保潮冉匣?学

１?保?The comparative chemistry

参考文献

Reference

第2章苯环取代基定位效应的量子化学高斯计算研究

Chapter 2Gaussian quantum chemical calculation on

benzene ring substituents orientation effect

２?保绷孔踊?学高斯计算结果

2??1Results of Gaussian quantum chemical calculation

２?保步峁?与讨论

2??2Results and discussion

参考文献

References

第3章Diels??Alder反应活性的量子化学计算研究

Chapter 3The quantum chemical calculation on Diels??

Alder reactivity

３?保蹦芗断喙赝?

3??1Level correlation diagram

３?保擦孔踊?学计算结果与讨论

3??2Results and discussion of quantum chemical calculations

参考文献

References

第4章取代环己烷衍生物构型的量子化学高斯计算研究

Chapter 4Configuration and conformational analysis of

substituted cyclohexane derivatives by Gaussian

quantum chemical calculation

４??1量子化学高斯计算结果

4??1Results of Gaussian quantum chemical calculation

４?保蔡致塾胄〗?

4??2Discussion and conclusion

参考文献

References

第5章芬太尼类化合物的药效团模型

Chapter 5Pharmacophore model of fentanyl compounds

５?保?GALAHAD模块程序

5??1GALAHAD module program

５??2阿片μ受体激动剂的药效团模型

5??2Pharmacophore model of μ opioid receptor agonist

５?保乘阉魇?据库并寻找先导化合物

5??3Search the database and find lead compounds

参考文献

References

第6章芬太尼类化合物的三维定量构效关系研究

Chapter 6Three??dimensional quantitative structure??activity

relationship studies of fentanyl compounds

６?保北冉戏肿映》治?

6??1Comparative molecular field analysis

６?保舶⑵?μ受体激动剂的３D??QSAR模型

6??23D??QSAR model of μ opioid receptor agonist

６?保?CoMFA模型以及测试集验证

6??3CoMFA models and test set validation

６?保?CoMFA结果分析与讨论

6??4Results and discussion of CoMFA analysis

６?保当冉戏肿酉嗨埔蜃臃治龇椒?

6??5Comparative molecular similarity indices analysis methods

参考文献

References

第7章阿片μ受体的三维结构模建及活性位点预测

Chapter 7The three??dimensional structure modeling and

active sites forecasts of the μ opioid receptor

７?保卑⑵?μ受体及阿片受体功能

7??1μ Opioid receptor and opioid receptor function

７?保舶⑵?μ受体的三维结构模建

7??2The three??dimensional structure modeling of the μ opioid

receptor

７?保郴?于Composer模建的步骤

7??3Composer??based modeling steps

７?保窗⑵?μ受体活性位点的确定和分析

7??4The identification and analysis of the μ opioid receptor

active sites

７?保到崧?

7??5Conclusion

参考文献

References

第8章芬太尼类化合物与阿片μ受体相互作用的分子对接

与分子动力学模拟

Chapter 8Interaction simulations between fentanyl

compounds and μ opioid receptor with

molecular docking and molecular dynamics

８?保毙槟馍秆∮敕肿佣越痈攀?

8??1Overview on virtual screening and molecular docking

８?保舶⑵?μ受体与激动剂的分子对接

8??2Molecular docking between μ opioid receptor and agonist

８?保撤肿佣越咏峁?分析与讨论以及作用机制分析

8??3Results analysis and discussion of molecular docking and

mechanism of action

８?保葱滦图ざ?剂的药物分子设计

8??4Drug design of novel agonist

８?保捣姨?尼类化合物与阿片μ受体相互作用的分子动力学

模拟

8??5Molecular dynamics simulations between fentanyl

compounds and μ opioid receptor

参考文献

References

第9章基于分子对接的咪唑啉类α2A?采錾舷偎啬芘涮迦?维

定量构效关系

Chapter 93D??QSAR based molecular docking of α2A??

adrenergic imidazoline ligands

９?保奔扑惴椒?

9??1Calculation methods

９?保步峁?与讨论

9??2Results and discussion

９?保辰崧?

9??3Conclusion

参考文献

References

第10章抗惊厥化合物的药效团搜索及其3D??QSAR研究

Chapter 10Pharmacophore search and 3D??QSAR study of the

anticonvulsant compounds

１０?保辈牧嫌敕椒?

10??1Materials and methods

１０?保?GALAHAD药效团模型搜索

10??2GALAHAD Pharmacophore model search

１０?保郴?于药效团的CoMFA分析

10??3CoMFA analysis based pharmacophore

１０?保唇峁?与讨论

10??4Results and discussion

参考文献

References

第11章GABA受体抑制剂药效团搜索与CoMFA研究

Chapter 11Pharmacophore search and CoMFA study

of GABA receptor inhibitor

１１?保币?言

11??1Introduction

１１?保?GALAHAD模型建立及CoMFA 研究

11??2GALAHAD Model and CoMFA

１１?保骋┬?团及CoMFA模型结果分析

11??3Results of pharmacophore and CoMFA model

参考文献

References

第12章富勒醇和蛋白模型构建

Chapter 12Fullerenol and protein modeling

１２?保币?言

12??1Introduction

１２?保哺焕障┖透焕沾嫉墓菇?

12??2Fullerene and fullerenol modeling

１２?保掣焕障┖透焕沾技暗鞍字实慕峁?

12??3The structure of fullerenes and fullerenols and protein

１２?保葱〗?

12??4Summary

参考文献

References

第13章Autodock计算研究富勒醇?驳鞍字实南嗷プ饔?

Chapter 13Interactions between fullerenols??protein with autodock

calculation

１3?保币?言

13??1Introduction

１３?保哺焕沾吉驳鞍字氏嗷プ饔眉扑惴椒?

13??2Calculated method of the interactions between

fullerenols??protein

１３?保掣焕沾吉驳鞍字氏嗷プ饔玫墓媛?

13??3The law of interaction between fullerenols??protein

１３?保葱〗?

13??4Summary

参考文献

References

附录一构筑有机化学通向无机化学的桥梁

Appendix 1Build bridges between inorganic and

organic chemistry

参考文献

References

附录二糖酶的分子设计及其三维构效关系与分子医学研究

Appendix 2Carbohydrase molecular design and its three??dimensional

structure??activity relationships and molecular medicine

research

参考文献

References

附录三社会科学与力学的比较学研究概论

Appendix ３Comparative study between social sciences

and mechanics

参考文献

References

后记

Postscript

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比较和关联是认识事物、发现规律的科学方法。早在20世纪80年代初期，胡文祥萌发了比较学与比较化学思想。许多伟大先驱用比较关联的方法发现了科学定律，例如牛顿将苹果下落与月亮绕地球运转关联起来，发现了万有引力定律。赢得了“电学之牛顿”称誉的法国科学家安培从小读过一篇关于音乐与数学谐调关系的文章(和谐学涉及规律性和联系性)，对他日后的科学思想和实践产生了巨大影响，他对自然现象之间的关联产生兴趣，使他成为了首先认识到电力与磁力之间联系的科学家之一。德国理论物理学家赫尔曼?哈肯博士发现从普通光到激光的转变与水从液态转变为水蒸气等热力学相变非常相似，都由同一类型的序参量方程所描述，从而创立了协同论(学)。伟大的理论物理学家麦克斯韦从光与电磁波传播速度相同，大胆猜测光是一种电磁波，从而创立了光的电磁波理论。达尔文将生物界与马尔萨斯《人口论》中关于优胜劣汰的思想进行比较，创立了“物竞天择，适者生存”的生物进化学说。等等这些让胡文祥认识到，科学发展史上许多伟大的成就，都是自觉或不自觉地应用了比较学思想。

组合凝集智慧，比较成就伟业。我国社会主义建设及改革开放各个时期所取得的历史性成果，例如从神舟飞天到“蛟龙”探海，从北斗导航到“嫦娥”奔月，从三峡发电到蛋白重组，从航空母舰到巡航导弹，从分子设计到人工智能，无一不体现了高科技大工程领域的组合集成和比较创新。

比较学是一个庞大的学科群，其中比较化学仍是一个较大的学科群,任何一本书都难以穷尽其内容。胡文祥早在20世纪80年代创立比较化学，90年代倡导广义组合化学，并呼吁广大科教工作者和工程技术人员积极运用比较学与比较化学，大力推广组合学与组合化学,不断产生新思想、发明新技术、建立新方法、制造新工具、构建新模型、合成新物质、研制新产品、创立新理论，开始新的追求、播下新的希望、放飞新的梦想、翻开新的一页、写下新的篇章、创造新的辉煌，开拓进取、上下求索、努力拼搏，为推动人类科技进步和世界文明不断发展做出新贡献。

比较可以长见识，比较可以出规律。本书主要涉及运用比较化学思想、方法在物理有机化学和药物分子设计领域的部分研究成果，每章内容均可独立阅读。本书共分13章，由以下5个单元构成：第1章论述了比较学与比较化学的基本概念，由胡文祥撰写；第2章至第4章是运用比较化学方法在取代基效应、Diels?Alder反应和构象分析等物理有机化学重要方面的应用研究，由李博、胡文祥、刘明撰写；第5章至第8章主要是运用药效团搜索、三维定量构效关系、受体蛋白三维结构模建和分子对接等比较化学中的相关研究方法,研究人类重要的神经系统阿片受体激动剂芬太尼类化合物的分子设计，由胡文祥、刘小利、李博、刘明、孙治国等撰写，第9章至第13章是进一步运用分子设计相关研究方法，研究了肾上腺素能配体、抗惊厥化合物、GABA受体抑制剂的构效关系以及富勒醇与蛋白质的相互作用规律，由胡文祥、吴强三、王磊、吴限、李博、刘明等撰写；附录进一步拓展了本书的内容，有助于对比较学与比较化学的深刻理解，由胡文祥、李博撰写。张卓勇、王陆瑶对第3和12章提供了有益帮助。比较化学研究方法甚多，任何一本书都难以穷尽，本书仅涉及量子化学和构效关系相关研究方法，其实，其他研究方法将让比较化学内容更加丰富。

在本书撰写过程中参考和引用了相关作者的文献，对于这些作者的贡献和全体编著者及提供帮助的所有专家、领导均表示衷心感谢!限于篇幅每章仅列出了部分主要参考文献，敬请谅解。由于编者水平所限，书中难免出现某些纰漏和错误，恳请广大读者批评指正。

胡文祥李博2012年11月28日

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